Propstei
1083 stiftete der Adlige Tuoto von Wagenhausen seinen Grundbesitz dem Benediktinerkloster Allerheiligen in Schaffhausen. Dieses erichtete hier ein kleines "Kloster der hl. Maria". Aufgrund eines Streits zwischen Stifter und Abt geriet das Kloster 1105 an das Bistum Konstanz, wo es 300 Jahre blieb. 1417 gelangte es heruntergewirtschaftet zurück an Allerheiligen und wurde zur Propstei: Ein Mönch verwaltete als Propst die Klostergüter und betreute gleichzeitig die Pfarrei. Das erste Konventsgebäude schloss als Westflügel an die Kirche an (1829 abgerissen). Ein Brand kurz nach 1100 bewirkte zusammen mit der Übergabe an Konstanz die Erweiterung des Klosters um den erhaltenen Ost- und Südflügel sowie den Kreuzgang. Der Westflügel wurde zum Ökonomiegebäude. Nach der Reformation (1529) war der Propst evangelisch; die Propstei blieb als solche erhalten und wurde im Ost- und Südflügel aufgestockt.
Kirche
Die Kirche ist eine dreischiffige, romanische Basilika im lombardischen Stil. Das nördliche Seitenschiff wurde, durch den Einfluss des nahen Rheins baufällig und um 1600 abgerissen. Von der Malerei des 13. Jahrhunderts ist diejenige am Triumphbogen erhalten. Die Fresken der hl. Agatha (Nordwand), der hl. Sebastian (Chor) und des hl. Antonius und Benedikt (Seitenapsis) entstanden nach 1500, der Taufstein 1512. Die Kanzel datiert aus dem 17. Jahrhundert.
Kreuzgang
Im Kreuzgang befinden sich Grabtafeln von Pröpsten aus dem 18. und 19. Jahrhundert, sowie ein Pestsarg mit aufklappbarem Boden: Im Jahr 1611 wurde die Hälfte der Thurgauer Bevörkerung durch die Pest dahingerafft; in Wagenhausen 71 Personen.
Glockentum
Im Glockenturm hängen drei Glocken: eine Marienglocke von 1291, eine grosse Glocke von 1514 und eine kleine von 1953.
1937 wurde die Kirche aussen restauriert. 1950/51 innen. 1970/71 richtete man im Ost- und Südflügel drei Wohnungen ein, zudem ist im Ostflügel der historische Propsteisaal (Kirchgemeindesaal) untergebracht.
Im Rahmen des Projektes "Bodensee-Kirchenbesucher" erhalten Sie beim Besuch dieser Kirche einen Aufkleber für Ihren Bodensee-Kirchenbesucher-Pass, der in die Broschüre "Bodensee-Kirchenbesucher" integriert ist.
